重金屬污染土壤的修復方法很多，對于不同類型的土壤，由于土壤本身的性質、重金屬污染的形式、程度差別都很大，選擇合適的修復方式顯得尤為重要。
農業土壤
農業土壤是在自然土壤的基礎上，通過耕種、施肥、灌溉、改良等以及自然因素的綜合作用下而形成的土壤，如耕地、果園、茶園里的土壤。由于農業土壤的特殊用途，治理時應選擇對土壤環境干擾小的方法。依據重金屬污染的程度分為中低濃度和高濃度兩種基本的類型。
對于中低濃度的農業土壤，可以使用固定化技術使土壤中的危險重金屬離子轉化為穩定的形態，降低它的有效性，使得在作物吸收時可表現出惰性，采用較多的方式是使用改良劑。也可以種植超積累作物或非食用植物，并可接種適量的蚯蚓來增加土壤環境中的重金屬有效態以利于作物吸取。
對于高濃度重金屬污染農業土壤，客土法是改善該類型土壤的有效的方法，一般重金屬污染土壤的面積不大，雖然客土法代價比較高昂，卻能獲得直接的效果。2005年，日本大約87.2%的高濃度重金屬污染土壤修復通過客土法得到了有效的治理，恢復了農業用途。
城市污染
城市土壤是指受到人類活動強烈影響的、非農用的、并由于土地的混合、填埋或污染而形成的厚度大于或等于50cm的城區或郊區土壤，廣泛分布于公園、道路、體育場、城市河道、城郊、垃圾填埋場、廢氣工廠周圍，或被建筑和工業設施所覆蓋。城市化過程中伴隨著大量含有重金屬元素的工業“三廢”、機動車尾氣和生活垃圾等污染物的排放，造成城市土壤的越來越嚴重的重金屬污染、通過吞食、吸入和皮膚吸收等途徑進入并危害人體，關系到眾多的生命健康和城市生態環境的可持續性發展，急需對城市土壤重金屬污染問題進行系統性的研究和治理。
礦區污染
礦區污染是指以采礦等生產的固體廢氣巖土作為母質，經人工整理、改良、促使其風化、熟化而形成的一類土壤。金屬礦山的井下廢水、選礦廢水、冶煉廠廢水，礦冶廢棄地、尤其是有色金屬礦治廢氣地一般都含有大量的重金屬。近年來，金屬礦區及周邊土壤重金屬污染的問題日益突出，已經對生態環境、食品安全和人體健康構成了嚴重威脅，研發經濟高效的污染土壤修復技術是改善礦區環境質量的迫切要求。
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