重金屬污染對處于食物鏈頂端的人類來說，對機體器官造成的傷害往往是終生、不可逆的。而且重金屬對動物和人體內都有富集效應，一旦進入體內，就很難自然被排出或徹底去除。
 
1、礦山開采：一些礦山在開采中尚未建立石排場和尾礦庫，廢石和尾礦隨意排放，致使尾礦中富含難解的重金屬進入土壤，加之礦石加工后余下的金屬廢渣隨雨水進入地下水系統，造成嚴重的土壤重金屬污染。
 
2、大氣中的重金屬沉降：大氣中的重金屬主要來源于工業生產、汽車尾氣排放及汽車輪胎磨損產生的大量含重金屬的有害氣體和粉塵等。它們主要分布在公路和鐵路兩側。大氣中的大多數重金屬是經自然沉降和雨淋沉降進入土壤的。 3、污水灌溉：污水灌溉一般指使用經過一定處理的城市污水灌溉農田、森林草地。城市污水包括生活污水、商業污水和工業廢水。由于經濟發展，大量的工業廢水涌入河道，使城市污水中含有的許多重金屬離子，隨著污水灌溉而進入土壤。
 
4、農藥、化肥和塑料膜等農業投入品的施用：施用含有鉛、汞、鎘、砷等的農藥和不合理的使用化肥，都可能導致土壤中重金屬的污染。如砷則被大量用作殺蟲劑、殺菌劑、殺鼠劑和除草劑，少量氮肥中鉛含量較高，農用塑料薄膜生產應用的熱穩定劑中含有鎘、鉛，在大量使用塑料大棚和地膜過程中都可能造成土壤重金屬的污染。
 
5、污泥和一些固體廢棄物的農用：固體廢棄物被直接或通過加工作為肥料施入土壤，造成土壤重金屬污染。隨著我國工業的發展及城鎮建設的加快，污水處理廠產生的污泥越來越多，這些污泥中除含有較高的有機質和氮、磷等養分外，往往也含有鉻、鉛、銅、砷等重金屬，且極易超過控制標準，一旦施入農田就可使土壤重金屬含量有不同程度的增加。
 
在土壤被重金屬元素污染的過程中，這些污染元素一般都呈現垂直遞減分布，很難從根本上進行治理。隨著時間的推移，土壤的重金屬污染深度會逐漸加深，影響更加惡劣。