我國農田土壤重金屬污染防治面臨土壤重金屬空間異質性強、土壤類型及農作物品種對重金屬累積差異大、土壤酸化嚴重、土壤元素失衡、不科學的發展方式、土壤重金屬累積趨勢難以逆轉、土壤—農作物重金屬累積線性關系不顯著、土壤修復技術不完善、土壤修復設備不先進、修復措施長期風險調控機制缺失等主要挑戰。 我國農用地資源緊張，農田土壤污染面積廣泛，成因復雜，糧食供給和糧食安全壓力巨大，不能像發達國家那樣對污染土壤進行大面積休耕，應遵循預防為主、保護優先和風險管控為基本思路，重視農田土壤生態服務功能理念，以恢復農田生態系統健康為目標，建立土壤污染防治體系，制定因地制宜、成本經濟、簡單易行的農田土壤重金屬污染治理方案，通過“土壤環境質量調查、土壤污染源頭管控、分類管理和土壤環境質量基準推導”等4個步驟系統推進農田土壤重金屬污染防治工作。
 
結合國內外農田土壤污染治理經驗和我國國情，農田土壤重金屬污染修復是一項長期綜合的系統工程。為確保農田生態系統健康、穩定和可持續運轉，媒體應減少“壞土壤”、“毒大米”等缺乏科學性的報道，加強相關專業知識的宣傳普及；政府部門應高度重視糧食安全，落實相應的法律、法規；科學家應加強技術創新和相關科學研究；民眾應積極參與，客觀看待農田土壤污染問題。