土壤熱脫附技術如今被廣泛應用于處理各種固體形態中的汞，如沉積物、熒光燈廢物、燃燒發電站的副產品等，并且也被視為汞污染土壤的首選修復技術。由于熱脫附屬于物理過程，因此相對其他土壤修復方法其可控因素要較少，溫度、時間、水分是影響熱脫附處理效果的最主要因素。那么利用土壤熱脫附設備來處理汞污染存在哪些問題？ 1、相比于土壤淋洗技術、植物修復技術這些常用汞污染土壤處理方法，土壤熱脫附的運行成本仍相對較高，且高溫熱解處理后的土壤理化性質遭到嚴重破壞，已經不適合回田再利用，土壤用途的可選擇性降低。
 
2、低溫熱脫附所選用的添加劑也有產生二次污染的風險，這就對添加劑的選擇有了很高的要求，無論在處理過程中還是土壤修復后都不能對土壤環境造成破壞。
3、盡管國內外對熱脫附技術的研究都有一些理論成果，但對不同濃度的汞污染土壤的處理，熱脫附技術的使用范圍還未確定，這方面也應該成為熱脫附技術日后研究的重點。
 
4、對于熱脫附產生汞蒸氣，大部分研究者都采用活性炭進行吸附處理，但活性炭成本較高，且再生次數少，吸附汞的活性炭屬于危險廢物，需要進行二次處理，環境風險大，不宜大規模使用。