植物修復技術具有常規土壤物理化學等方法所不及或沒有的技術和經濟上的雙重優勢，正是這驅動著植物土壤修復技術在全球范圍的研究和應用。然而，利用植物修復土壤重金屬污染仍存在不足之處。

1、修復過程相對而言較為緩慢土壤環境對植物的修復效率有著較大的影響。重金屬污染土壤的植物修復的主要問題是如何提高植物的修復速率和效率。現在植物修復方面的研究主要著重于野生超積累植物的篩選上，但因大多數野生植物生物量較小、生長緩慢、修復效率低，在今后的研究中，除了從基因技術的角度研究把積累植物中的基因轉入生物量大的植物外，還應該從土壤化學的角度出發，研究相應的科學措施增加植物對重金屬的吸收量，從而提高植物修復的效率。
 
2、植物提取所用的超富集植物往往生物量較小植物提取修復技術的應用有兩個前提，一是植物組織能積累高濃度的某種元素，二是植物的生物量高。但現在發現的許多超富集植物生長緩慢、植株矮小、地上部生物量小，成為實際應用中最大的限制。
 
3、重金屬的植物修復選擇性和復雜性在植物修復過程中不同植物對于重金屬的吸收、富集作用是不同的。采取的各種土壤化學及土壤生物學的措施，在不同的情況下它們對植物修復的作用也可能不同，有時甚至相反。例如，調節土壤pH值對于植物固定和植物提取而口，他們的目的是不同的，前者往往需要降低重金屬的生物有效性，而后者需要提高游離重金屬離子的濃度。這些因素導致在植物修復的過程中設置了較高的門檻，往往需要很高的科研水平及充分的前期準備才能獲得較為理想的修復效果。